Die Unterhaltung Gewässer erster und zweiter Ordnung ist Aufgabe des Freistaats Bayern und wird von den Wasserwirtschaftsämtern durchgeführt. Die Unterhaltung der Bundeswasserstraßen obliegt dem Bund.

Die Unterhaltung eines oberirdischen Gewässers umfasst seine Pflege und Entwicklung als öffentlich-rechtliche Verpflichtung (Unterhaltungslast). Zur Gewässerunterhaltung gehören insbesondere:

• die Erhaltung des Gewässerbettes, auch zur Sicherung eines ordnungsgemäßen Wasserabflusses,
• die Erhaltung der Ufer, insbesondere durch Erhaltung und Neuanpflanzung einer standortgerechten Ufervegetation, sowie die Freihaltung der Ufer für den Wasserabfluss,
• die Erhaltung der Schiffbarkeit von schiffbaren Gewässern mit Ausnahme der besonderen Zufahrten zu Häfen und Schiffsanlegestellen,
• die Erhaltung und Förderung der ökologischen Funktionsfähigkeit des Gewässers insbesondere als Lebensraum von wild lebenden Tieren und Pflanzen,
• die Erhaltung des Gewässers in einem Zustand, der hinsichtlich der Abführung oder Rückhaltung von Wasser, Geschiebe, Schwebstoffen und Eis den wasserwirtschaftlichen Bedürfnissen entspricht.

Gewässer werden in Ordnungen eingeteilt. Die oberirdischen Gewässer mit Ausnahme des aus Quellen wild abfließenden Wassers werden nach ihrer wasserwirtschaftlichen Bedeutung eingeteilt in:

• Gewässer erster Ordnung: die Bundeswasserstraßen und die im "Verzeichnis der Gewässer erster Ordnung" aufgeführten Gewässer (siehe Anlage 1 des Bayerischen Wassergesetzes)
• Gewässer zweiter Ordnung: Gewässer, die im "Verzeichnis der Gewässer zweiter Ordnung" eingetragen sind
• Gewässer dritter Ordnung: alle anderen Gewässer